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Koro-sensei est une étrange créature qui déclare avoir subitement détruit 70 % de la Lune. Il prévoit ensuite de détruire la Terre en mars prochain. Il se présente au gouvernement japonais et annonce vouloir devenir le professeur principal de la classe 3-E du collège Kunugigaoka pour pouvoir les former en tant qu'assassins et éliminer une cible bien particulière : lui-même, leur propre enseignant.

Mais les élèves réussiront-ils leur mission avant la date impartie ?